Очередное обновление моделей серии 3 началось в 1998 г. Тогда стартовало новое поколение седанов типа Е46. За два года семейство "троек" пополнилось новыми купе, универсалами Touring и кабриолетами. До конца 2000 г. появились 3-дверные хэтчбеки Compact II, которые также были созданы на шасси Е46.

В целом седаны и универсалы этой серии в 2000 г. мало изменились. Главная новость-появление двух 2,2- и 3,0-литровых бензиновых двигателей и трех базовых комплектаций для седанов, которые сразу же разделили покупателей на сторонников спортивного стиля и комфорта. Для первых предлагается исполнение М sport со спортивными сиденьями и рулевым колесом, более жесткой подвеской и 17-дюймовыми колесами. Есть и чисто внешние отличия. Варианты Comfort и Top Comfort предназначены для более мягкой езды и отличаются как отделкой, так и оснащением салона. Само название Тор Comfort говорит о высоком уровне стандартной комплектации. В нее входят дорогие ксеноновые фары, электроподогрев передних сидений, включение стеклоочистителей по датчику дождя и др.

В июне 2000 г. модельный ряд седанов и универсалов дополнен полноприводными комплектациями 330Хi и 330Xdi с новым силовым агрегатом. Новинки получили видоизмененную переднюю подвеску и полный привод всех колес через раздаточную коробку с цепью "Морзе" и межосевой дифференциал. В целом трансмиссия аналогична той, что применяется на вседорожниках Х5. Вместо механических дифференциалов повышенного трения используется система "автоматического дифференцирования" ADB-X, позволяющая перераспределять тяговые силы на колесах в зависимости от их сцепления с дорожным покрытием посредством рабочей тормозной системы. Кроме этого, на автомобилях применяется новейший рядный 6-цилиндровый двигатель рабочим объемом 3,0 л, созданный на основе 2,8-литрового агрегата. Ход поршня увеличен с 84 до 89,6 мм. Мощность возросла почти на 20% - со 193 до 231 л.с., что позволило более тяжелым машинам иметь лучшие динамические показатели по сравнению с обычными моделями 328i и 328i Touring. Две другие модели (330Xdi и 330 Xdi Touring) комплектуют известным 2,9-литровым турбо наддув ным дизелем мощностью 184 л.с.

В конце 2000 г все семейство "троек" обрело новые варианты - 320i и 325i. Для первого рабочий объем двигателя вырос G 2,0 до 2,2 л, а мощность - со 150 до 170 л.с. Рабочий объем 2,5-литрового агрегата модели 323i остался прежним, но в результате модернизации мощность увеличилась со 170 до 192 л.с., а индекс машины изменили на 325i.

Семейство купе теперь возглавляет общепризнанный лидер среди машин этого класса М3. Внешние отличия автомобиля заключаются в ином переднем бампере-спойлере с увеличенным воздухозаборником, стильных вентиляционных решетках на боковинах передних крыльев и специальных хромированных легкосплавных колесах. В салоне - спортивные сиденья, "трехспицевое" рулевое колесо с обилием различных функциональных кнопок и модные ныне хромированные ободки круглых циферблатов на панели приборов. На 45 куб.см увеличен рабочий объем двигателя М3. Форсировка позволила довести мощность этого незаурядного мотора до 343 л.с. при 7900 об/мин.

Мировая премьера кабриолета на шасси "тройки" состоялась в марте 2000 г. на Женевском автосалоне, а уже весной этого года машины поступили в продажу. Внешнее сходство кабриолета с купе очевидно, хотя машины имеют разные двери и задние крылья. Кабриолет имеет автоматически срабатываемые при опрокидывании дуги безопасности и складной мягкий верх, который укладывается в специальный объемный контейнер и может быть демонтирован. В холодное время года устанавливается жесткий верх, превращающий автомобиль в полноценное купе.

С августа 2000 года BMW M3 в модификациях "купе" и "кабриолет" предлагались c секвентальной коробкой передач Sequential M gearbox второго поколения (SMG II). Это безмуфтовая механическая коробка передач, построенная по технологии "Формулы-1" и имеющая режим автоматического переключения передач.